MENY

Gällande vårdprogram cervixcancerprevention

Fastställt av Regionala cancercentrum i samverkan 2018-12-11

Bilaga 1. Specifikation för överföring av HPV-testresultat. Version 9 (150616)

1. Dokumenthistorik

Version 1 (081219): Första version

Version 2 (091209): Tillägg av <regdat>

Version 3 (100617): Ändrat i xml-strukturen, lagt till kapitel om dokumenthistorik

Version 4 (110617): Uppdaterat med koder för virologlab och cytologlab. Utökad

resultatkoder med AH = Annan högrisk än 16/18.

Version 5 (120118): Lagt till variabel för remissid från cytlab. Specificerat HSA-Id för

provtagarenhet.

Version 6 (120330): Lagt till att posttyp och enhetsinformation skall levereras

Version 7 (130201): Lagt till att hpvresultattxt skall skickas

Version 8 (130325): Lagt till, K = Formalin-fixerat, paraffin-inbäddat material

L = Genitalt sekret, för provtyp.

Version 9 (150616): Lagt till hpvtest VF och VG.

2. Bakgrund

HPV-testning införs som del i landstingdrivna screeningprogram mot cervixcancer och effekten och följsamhet till riktlinjer och vårdprogram behöver fortlöpande utvärderas. Det finns också stort behov av att inom ramen för definierade program följa det epidemiologiska läget för HPV-infektioner i landet, inte minst som uppföljning av HPV-vaccination på populationsnivå.

Det finns ett uttalat och starkt behov av gemensam standard för att generera och rapportera data kring HPV-testning, detta är närmast en förutsättning för mer generella analyser, men kan också underlätta det lokala/regionala arbetet. Denna specifikation syftar till att upprätta en sådan standard så att datatolkning över laboratoriergränser ska vara möjlig.

Standarden utgår från att en datafil skapas vid de laboratorier som utför HPV-diagnostik. Denna fil kan sedan överföras till andra databaser. Det kan röra sig om lokala databaser i vid cytologi/patologilaboratorier där en integration för kliniskt bruk av HPV-data med cytologi-patologidata kan komma att ske. Dataleveranser kommer också att ske till mer övergripande regionala och nationella register. 

3. Inledning

3.1 Om specifikationen

Specifikationen är utarbetad för att stödja de laboratorier som elektroniskt rapporterar resultat av HPV-test.

Specifikationen är avsedd för personal som arbetar med laboratoriernas IT-system.

3.2 Krav på det enskilda laboratoriet

Varje enskilt laboratorium ansvarar för att det etableras rutiner som säkerställer att data leveras på ett korrekt sätt.

4. Överföringsrutiner

Leverans av data sker via ftp/web/cd.

    1. Laboratorierna registrerar HPV-testerna i sitt eget IT-system
    2. Data överförs till mottagarregistret med tidsintervall enligt överenskommelse mellan leverantör och mottagare.
    3. Någon generell säkerhetsnivå (krypteringskrav etc) för leverans anges inte här utan detta får beslutas av leverantör och mottagare.
    4. Registeransvarig hos mottagare ansvarar för att data läggs in korrekt i databasen.
    5. Leveranser bör kvitteras

Vilka HPV-resultat skall överföras

Vanligen ska resultat från alla prover från cervix, vulva och vagina överföras. Detta gäller oavsett patientens ålder eller orsak till att testet är taget. I vissa sammanhang kan även leverans av provdata från andra lokaler bli aktuellt. Denna specifikation är utformad för att även täcka de behoven.

Ytterligare information om leverans

Leveranserna skall innehålla de poster som är nya eller uppdaterade sedan senaste leverans.

För en post som uppdateras skall all information levereras, inte bara den uppdaterade informationen. I mottagande system kommer då den ej uppdaterade posten först att raderas och sedan kommer den nya posten att läsas in.

Information om att poster har raderats ur labsystemen måste komma till mottagande system. Detta görs genom att det finns ett fält(posttyp), som sätts till R om posten skall raderas. Då behövs ingen ytterligare information än fälten provid och virologlab levereras.

Provtagningsenhet, är enheten/kliniken där provet togs.

Om provet är ”beställt” från cytologlab/cytologavdelning så skall detta anges med kod i fältet labkod, koderna är specificerade i slutet av detta dokument. Har provet inte kommit från cytologlab till virologlab, så måste uppgiften om provtagningsenhet levereras. I detta fall lämnas då fältet för cytologlab och cytologlabbets remissid blanka. I detta fall skall även information i fältet för enhetsinformation lämnas.

 

5. Filformat

5.1 Översikt

Eftersom det finns olika IT-system på laboratorierna behövs ett filformat som kan användas i de flesta system.

Vi har valt att göra det möjligt att använda antingen xml-format eller semikolonavgränsad  text på filer som levereras.

XML formatet är att föredra då det är ett bra sätt att beskriva data på, det är operativsystemoberoende, välstrukturerat, välanvänt, finns ett flertal verktyg för att läsa och skriva xml-filer, kan läsas och skrivas med en vanlig texteditor (då en xml-fil i grunden är en vanlig textfil). En ytterligare fördel är att om en variabel saknar värde kan taggen för variabeln utelämnas utan att det blir problem med inläsningen.

Den semikolonavgränsade textfilen är ett alternativ för de som inte har möjlighet att använda xml-format.

5.2 Filnamn

Namnet på filen som sänds in skall bestå av en labspecifik del (identitet) för det insändande laboratoriet och ett löpnummer, enligt följande: <Labidentitet><Löpnummer>.xml (fil i xml-format) eller <Labidentitet><Löpnummer>.txt (semikolonseparerad fil).

5.3 Filstruktur

5.3.1 XML-format

XML-filen som levereras består av poster, som omges av taggar.

Filen har en start-tagg enligt följande: <?xml version=”1.0” encoding=”iso-8859-1”?>

Data i filen har root-taggen <hpvposter></ hpvposter>.

Varje post omges av taggen <post></post>, och varje variabel i sin tur har en tagg med bestämt namn. Se exempel på xml-fil nedan.

Posterna innehåller följande:

5.3.2 Exempel på XML-fil

5.3.3 Semikolonseparerad fil

Filen som levereras består av poster (HPV-prover). Varje post innehåller ett bestämt antal fält(variabler) som måste komma i den ordning som redovisas i tabellen nedan. Inget fält får uteslutas då det medför att inläsning kommer att bli felaktig. Varje post avslutas med CR/LF-par, och hela filen avslutas med filslutstecken (EOF).

5.3.4 Två exempel på poster i semikolonseparerad-fil

191212121111;P;Efternamn, Förnamn;20080101; 20080102;SE2321000131-E000000007241;20080105;01;;AAA1234BBB; 2010T12345;VA;B;A;L,6,11; HPV typ L, 6, 11

191212122222;P;Förnamn Efternamn;20071218; 20071219;SE2321000131-E000000000933

;20080102;01;;AAA1234CCC; 2010T12332;VB;C;E;N; BMM Kungsgatan, Kungsgatan 1, Göteborg

6. Kodtabeller

6.1 Virologlab

Kod

Laboratorium

BO

Borås klinisk mikrobiologi

ES

Eskilstuna/Capio Diagnostik

FA

Falun klinisk mikrobiologi

GA

Gävle klinisk mikrobiologi

GB

Göteborg Sahlgrenska klinisk mikrobiologi

HA

Halmstad klinisk mikrobiologi

HU

Huddinge KS, klinisk mikrobiologi

JO

Jönköping klinisk mikrobiologi

KA

Kalmar klinisk mikrobiologi

KK

Karlskrona klinisk mikrobiologi

KD

Karlstad klinisk mikrobiologi

LI

Linköping klinisk mikrobiologi

LU

Lund, SUS Klinisk mikrobiologi

MA

Malmö, SUS klinisk mikrobiologi, virologi

SK

Skövde klinisk mikrobiologi

SM

Smittskyddsinstitutet

SO

Solna KS, klinisk mikrobiologi

ST

Stockholm St.Göran mikrobiologiska laboratoriet

SB

Sunderby klinisk mikrobiologi

SU

Sundsvall klinisk mikrobiologi

AL

Täby Aleris Medilab

TR

Trollhättan klinisk mikrobiologi

UD

Uddevalla klinisk mikrobiologi

UM

Umeå klinisk bakteriologi, virologi

UP

Uppsala klinisk mikrobiologi

VA

Västerås klinisk mikrobiologi

VX

Växjö klinisk mikrobiologi

VI

Visby klinisk mikrobiologi

OR

Örebro klinisk mikrobiologi

OS

Östersund klinisk mikrobiologi

6.2 Koder för cytologiavdelningar enligt SOSFS2006:15

Kod

Laboratorium

017

Cytologiavdelning, Karolinska Universitetssjukhuset, Solna

031

Patologi- och cytologiavdelning, Danderyds sjukhus, Stockholm

051

Patologi- och cytologiavdelning, Capio Diagnostik AB, Stockholm

081

Patologi- och cytologiavdelning, Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge

851

Patologiavdelning, Medilab Kliniska Laboratorier AB, Täby

857

Cytologiavdelning, Medilab Kliniska Laboratorier AB, Täby

127

Cytologiavdelning, Akademiska sjukhuset, Uppsala

137

Cytologiavdelning, Mälarsjukhuset, Eskilstuna

547

Cytologiavdelning, Centralsjukhuset, Karlstad

557

Cytologiavdelning, Universitetssjukhuset, Örebro

567

Cytologiavdelning, Centrallasarettet, Västerås

577

Cytologiavdelning, Falu lasarett, Falun

617

Cytologiavdelning, Länssjukhuset, Gävle

217

Cytologiavdelning, Universitetssjukhuset, Linköping

227

Cytologiavdelning, Vrinnevisjukhuset, Norrköping

237

Cytologiavdelning, Länssjukhuset Ryhov, Jönköping

257

Cytologiavdelning, Länssjukhuset, Kalmar

247

Cytologiavdelning, Centrallasarettet, Växjö

277

Cytologiavdelning Blekingesjukhuset, Karlskrona

287

Cytologiavdelning, Centralsjukhuset, Kristianstad

307

Cytologiavdelning, Universitetssjukhuset, Malmö

417

Cytologiavdelning, Universitetssjukhuset, Lund

427

Cytologiavdelning, Länssjukhuset, Halmstad

437

Cytologiavdelning, Helsingborgs lasarett AB, Helsingborg

847

Cytologiavdelning, Medilab, Malmö

507

Cytologiavdelning, SU/Sahlgrenska, Göteborg

517

Cytologiavdelning, Norra Älvsborgs Länssjukhus,Vänersborg/ Trollhättan

527

Cytologiavdelning, Södra Älvsborgs sjukhus, Borås

537

Cytologiavdelning, Kärnsjukhuset i Skövde, Skövde

627

Cytologiavdelning, Sundsvalls sjukhus, Sundsvall

637

Cytologiavdelning, Östersunds sjukhus, Östersund

647

Cytologiavdelning, Norrlands universitetssjukhus, Umeå

657

Cytologiavdelning, Sunderby sjukhus, Luleå